torsdag 27 september 2012

DAG 2: PCR-reaktion + kontrollelektrofores av PCR och plasmidprep



Idag har du utfört en PCR.
Hur blev resultatet? Om du tycker att resultatet blev bra; vilka kontroller har du som gör att du kan lita på resultatet?

Fig1. Kontrollelektrofores. Brunnarna från vänster till höger: Hel plasmid, PCR, Neg., Pos., Markör III, Markör IX. Klicka på bilden för att förstora.

Resultatet blev bra. Vi har kunnat bekräfta att PCR:en har fungerat och att vi hade inserten LL37 i vår plasmid. Om man tittar på andra brunnen från vänster (Fig1) ser man ett svagt band som är ca 560-600 baser lång, samma storlek som den i positiva kontrollen där vi vet att LL37 finns, och det fanns inte heller något band i negativa kontrollen, alltså har det inte skett en carry-over kontamination och vi kan lita på vårt resultat.

Om resultatet blev misslyckat; vad tror du är den troligaste orsaken till att det misslyckades?

Vårt resultat blev lyckat men det fanns ett systematiskt fel som drabbade alla laboranter i vår grupp (Gr1), TAE-bufferten som användes vid elektroforesen var för surt (ca pH 4) vilket ledde till att färgen som användes i elektroforesen förlorade sin förmåga att binda till DNA efter en längre tids exponering till sur miljö. Vi hann avbryta elektroforesen innan detta kunde hända.

Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgången nästa labdag eller vid labuppföljningen?

Nej, allting var glasklart.

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar